作物残体可做厩肥、堆肥或留在田间当有机肥，虽然作物残体所含养分不高，但主要是可改善土壤的构造，及分解时产生许多有机酸，对土壤营养成分之有效性有增进的效果，尤其对微量元素之供应有其重要性。
堆肥是动植物体之废弃物经堆置及部分分解的产物，由于质材来源种类甚多，甚至垃圾都可做堆肥，一些对制作堆肥的基本了解是必须的：
堆肥的施用目的是增进土壤有机质及生长促进剂，以便维持土壤地方， 尤其对土壤物理性、化学性及生物均甚有助益。
有机物的分解是靠微生物进行的，因此制造堆肥的环境要适合微生物活动的条件，例如有充分的湿度及通气。在生产过程中需要经堆积及翻转的步骤，也需要足够的氮素提供微生物之繁殖。为了使堆积有更好的开始，可利用腐熟堆肥或微生物接种剂加速堆肥之形成分解时堆肥能产主高温，有助杀死病菌，因此堆肥外覆盖以增加温度也是有用的方法。
添加矿物质及其他有机质可加速堆肥腐熟之功效，尤其是氮素类的有机质(豆类粉及酵母粉)的添加，对「碳氮比」高的堆肥质料最有效，常施用 0.l～1 % 之量。石灰质材可减少酸性发生，例如石灰石粉常见施用0.3-0.5% 量，有助堆肥之质量。
作物草杆残质 （如稻草、玉米杆等）在播种前愈早施入或打入土壤愈好，可避免营养元素（如氮、微量元素等）被分解之微生物吸收固定，否则，幼苗将受残质影响，引起缺乏营养及黄化。因此施用未腐熟之作物草杆残质，需配合含氮较高的有机氮肥。
排水不良之田应减少大量施用作物残质或未腐熟之堆肥，排水不良的土壤在嫌气（缺氧气）下，有机物易分解成有害物质，将引起作物根部之伤害。有病害及杂草结种子的草杆不宜直接施用，以免病原菌及杂草种子孳长，否则得不偿失。
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